公司员工加班要扣除吃饭时间是合理的。若是用人单位安排延长工作时间的，在吃饭时间并未提供劳动，实际的加班时间的工资不低于劳动者正常工作时间工资的百分之一百五十。法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四十四条有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。《中华人民共和国劳动合同法》第三十一条用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。